Il Museo, ospitato in quella che fu la Sala del Consiglio della Misericordia Maggiore di Bergamo, venne aperto al pubblico nel 1906, dopo che l’Ente benefico ebbe accolto due importanti donazioni: la preziosa raccolta di cimeli donizettiani della baronessa Giovanna Ginevra Rota Basoni Scotti, e gli arredi della stanza in cui il compositore bergamasco morì, di proprietà di Cristoforo Scotti che ospitò il musicista malato negli ultimi anni della sua vita.

La donazione seguì il grande successo tributato dalla cittadinanza alla mostra voluta per celebrare la nascita del compositore nel 1897 e fu vincolata dalla famiglia Scotti alla fondazione di un Museo donizettiano. La nuova istituzione museale si poté attuare compiutamente grazie al deposito della ricca raccolta di cimeli e documenti di proprietà comunale, in gran parte conservate sino allora presso la civica biblioteca “Angelo Mai”.

Grazie all’infaticabile opera di ricerca e valorizzazione dei materiali conservati svolta dal primo longevo conservatore, il parmense Guido Zavadini, il patrimonio poté essere incrementato: particolarmente significativi il prezioso archivio e la stesura, nel 1936, del primo catalogo del museo.

Dalla fine del 2002 il Museo donizettiano è entrato nel circuito museale gestito dalla Fondazione Bergamo nella storia, creata con l’intento di salvaguardare e incentivare in modo nuovo l’importante patrimonio storico, culturale e artistico del territorio bergamasco. Il percorso comprende la Rocca, sede del Museo storico di Bergamo – sezione ‘800; l’ex convento di San Francesco; il Campanone; la Torre civica nel centro piacentiniano.

Tra gli strumenti musicali presenti si trovano lo splendido fortepiano Bosendorfer, acquistato da Donizetti nel 1844 per la baronessa Rota Basoni. Di grande valore storico e artistico anche il pianoforte a coda del musicista proveniente dalla casa della famiglia della moglie, Virginia Vasselli: sul coperchio è riportato un brano della lettera con la quale lo stesso Donizetti ne definiva la conservazione come luogo assoluto della memoria del suo operato: “Non vendere – scriveva – per qualunque prezzo quel pianoforte che racchiude tutta la mia vita artistica dal 1822 (…) là vi mormorano le Anne, le Marie, le Fauste, le Lucie (…)”.
Una terza sala è dedicata all’esposizione di altri strumenti musicali, tra questi: un fortepiano Kaspar Lorenz appartenuto a Giovanni Simone Mayr; due armonium ottocenteschi, un Fourneaux (uno dei primi prodotti) e un Graziano Tubi con un dispositivo elettromeccanico di registrazione su carta; un’intera raccolta di strumenti a fiato della prima metà dell’Ottocento, tra cui un clarinetto d’amore fabbricato da Lange di Torino; un violoncello piccolo appartenuto ad Alfredo Piatti.